如果说，咖啡烘焙是决定一杯好咖啡的关键，那么，手选瑕疵豆就是烘焙好一锅咖啡豆的关键。

手选就是讲混在美味咖啡豆中的杂质与不良豆子去除的步骤。咖啡豆中常会混入异物，例如石头、木层、金属片、土粒、树的果实等，有时还有硬币和玻璃片。使用专门机器仍然无法完全将杂质清除干净，最后必须依靠双手进行挑选，也就是手选的步骤。

不论是咖啡还是荞麦，若没有将小石头或玻璃碎片等杂质去除干净，都会伤害烘焙机或者石墨，进而会受到抱怨，或者会让客人迟到掺有沙子的荞麦面。当然，在咖啡生产地都会使用比重选豆机（利用风力依颗粒大小与重量分类）或是电子选豆机（依颜色挑选瑕疵豆）防止杂质与瑕疵豆混入，但是防不胜防，还是要用人的双手挑选。特别是未熟豆对于咖啡的味道会产生极不良的影响。瑕疵豆除了未熟豆外，还有死豆、虫蛀豆、黑豆、发霉豆、破裂豆、带壳豆、可可等。

手选在生豆阶段进行一次，烘焙前后各进行一次。

瑕疵豆的比例出人意料地高，优良的咖啡豆一般约含有20%，精制度低的摩卡等更是高过40%。也就是说烘焙过后大约只剩下六七成的咖啡豆可以用，即100克的生豆中会有30-40克的次品，这样相当浪费。要减少烘焙失败率，必须购买高精制度的优质咖啡豆。若是仍然害怕烘焙失败，挑选瑕疵豆的步骤就不能偷懒。要知道瑕疵豆是咖啡味道的致命伤。

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