生豆不论在栽植、收成、加工、运送、保管等所有过程中，都可能出现香味缺陷，我们称此为瑕疵豆或不良豆。

尤其是咖啡樱桃的加工过程，由于需要经历繁复多重的处理阶段，那些加诸于咖啡樱桃的物理性、化学性作用，特别容易造成瑕疵。

「过度发酵」非瑕疵？引发争议的风味。

过度发酵的生豆算是瑕疵豆吗？

关于这点，参与杯测的杯评人员经常意见分歧。

在COE这类生豆大赛的审查中，就有些杯测人员认为过度发酵的咖啡样品具有极度成熟的果肉甜味，因而给予高分评价；但也有杯测人员会将此评为带有严重缺陷的瑕疵豆，并记以低分。

这可说是杯测参与者在不同文化与个人喜好差异下衍生而出的代表性争论，习惯这个味道的人和不习惯这个味道的人，喜恶相当分明。