瑕疵豆的种类对咖啡风味的影响程度不同，但只要有一颗瑕疵豆，咖啡整体就会出现负面风味。

之所以会依照「定量生豆中含有的瑕庛豆比例」来判定咖啡等级，也是基于这种理由。

若因瑕疵豆被评为低品质，其生豆价格也会大幅度下滑。杯测过程中如果发现瑕疵豆，就会另外计算瑕疵分数，从最终分数中扣除。

虫害与加工，瑕疵豆的生成原因——

在植栽与加工过程中，瑕疵豆的出现总是无可避免的。

瑕疵豆的种类与造成原因──

虫害引起：不管是咖啡树感染因霉菌而生的「咖啡叶锈病」（Coffee Leaf Rust），或出现咖啡果小蠹（Coffee Berry Borer）啃噬咖啡樱桃、生豆的现象，都很可能使得咖啡农场一整年的努力付之一炬，造成致命性的伤害。