咖啡树跟其他农作物一样，容易被许多不同植物疾病影响，其中最常见的疾病就是叶锈病（leaf fust）。
叶锈病
叶锈病是一种真菌类咖啡驼孢锈菌造成的疾病，它会在树叶上形成橘色损伤，之后扩大成鲜橙色至红色圆斑，最後转褐色，具黄色边缘，锈菌孢子堆位於叶下表面，橙黄色，後转黑色，使树叶减少光合作用而逐渐脱落，并最终可能让整株咖啡树死亡。
由于此病限制了新茎的生长，即使咖啡树还未严重到死亡，但同样会影响当年度的产量，也会对隔年的咖啡收成带来显著的影响。而且受叶锈病感染的咖啡树无法产出完全成熟的果实，即使成功生长出果实，也会产出重量较轻、喝起来有涩味的瑕疵豆，甚至是死豆，死豆经过水洗处理后可能会转变为棕色，而这些豆子会形成臭酸味以及其他异味。
叶锈病首见于1861年东非的文献中，但直到1869～1879年该疾病在斯里兰卡造成几近灭绝式的损害之前，尚未有人研究过其成因和防治方法。1970年，叶锈病传播到巴西境内，可能是通过从东非载运可可豆的商船至此，自此迅速散布到中美洲。
现今叶锈病可以说遍布全世界所有咖啡生产国，全球气候变迁造成的暖化现象又使疫情更加恶化。2013年，许多中美洲咖啡生产国表示，由于叶锈病带来的严重损害，咖啡生产已进入紧急状态。
叶锈病目前的控制方法为於潮湿季节及时喷杀真菌剂；另外我们可以发现精品豆多种植于高海拔产区，那是因为海拔1,800∼2,100公尺(6,000∼7,000呎)较凉爽的地方，在该处锈菌不易繁殖。
