对咖啡风味的品质来说，仔细采收咖啡果实是很基本又非常重要的一个环节。毋庸置疑，在咖啡果实达到最佳成熟度时采收，制作出的咖啡通常味道最棒。采收高质量咖啡果实是面临的最大挑战，大概就是种植地的地形了。高质量的咖啡必须种植在海拔相对较高的地区，许多咖啡庄园就位于多山区域的陡峭斜坡上。
机械采收法
有许多高海拔同时地势较平坦的区域；例如巴西境内，恰好适合大量种植咖啡，这里的大型庄园将大型机械开进整齐划一的咖啡树列中，发出震动，使咖啡果实松脱后掉落。使用机械采收有许多缺点，最大的问题是会采收到未完全成熟的果实。
咖啡树的枝条上同时会有完全成熟与未成熟的果实存在，采收季无法分辨成熟度，会一并采收，这意味着采收完成后必须进行分离工序，随着果实掉落的断枝和树叶也必须完全挑除。以机械采收可以大大降低成本，但普遍来看质量会有所降低，一般用来采收商业咖啡豆和低品质咖啡豆。
速剥采收法
由于大型机械的使用地形限制，绝大多数采收工作还是必须依赖人工。其中一种十分迅速的方式是速剥采收法，即一次将整个枝条上的所有果实以熟练的手法快速剥除，就像机器采收般快速，但也相对不精确。
以此法采收无须昂贵的机器，也不一定要平坦的地势，不过采收的结果同样是成熟果和未熟果混杂，之后仍然需要进行筛除。
